Kefirkulturen som må brukes ved fremstilling av kefir er en blandingskultur som opprinnelig kommer fra Kaukasus. Den består av flere ulike arter av melkesyrebakterier og gjær. Kulturen danner en struktur, en synlig masse av proteiner og polysakkarider, og det er dette vi kaller kefirkorn. Når bakteriene og gjæren formerer seg, kan vi se at kornene blir større og at det dannes flere kefirkorn.

I kefirkornene er det like mengder av laktobasiller, laktokokker og gjær. 

Syrnede meieriprodukter har vært brukt i mange tusen år. Kefir er en unik syrnet melkevariant, basert på helmelk syrnet med kefirkorn. Kefirkorn inneholder flere bakterietyper enn annen syrnet melk, og er også den eneste med gjær. Smaken på kefir er preget av stoffer som produseres av både melkesyrebakterier og gjær.
Melken varmebehandles først ved høypasteurisering for å at enkelte av melkeproteinene (særlig myseproteinene) skal folde seg ut og festes til andre melkeproteiner. Dette gir melken en tykkere konsistens.

Etter varmebehandling kjøles melken til ønsket syrningstemperatur, som er ca. 21-23°C før kefirkorn tilsettes. Kefirkorn inneholder både melkesyrebakterier og gjærsopp. Den eksakte sammensetningen er ikke helt kjent og vil variere noe. Melkesyrebakteriene produserer blant annet melkesyre og karbondioksid (gass) slik at melken syrnes og får en lett boblete struktur. Når produktet har riktig smak og konsistens, noe som kan ta ca. 20 timer, blir det kjølt ned. Deretter tappes produktet på ønsket emballasje og oppbevares ved 0-4 °C.

Kefir, basert på kefirkorn, er den originale og opprinnelige måten å lage kefir på. Produksjonen er mer arbeidskrevende og mer komplisert enn moderne utgaver basert på frysetørkede kulturer, men metoden gir kefir langt rikere smak og aroma enn nye forenklede utgaver.
Norsk kefir er økologisk og produseres av høypasteurisert helmelk etter samme oppskrift, og på de samme russiske kefirkorn som ble skaffet på 1930-tallet.