Siden symptomene på laktoseintoleranse kan forveksles med symptomer på andre former for matintoleranse, matallergier og sykdommer i magen, bør man oppsøke fastlegen for å få en sikker diagnose. Det kan ofte være lurt å føre en mat- og symptomdagbok for å se om det er sammenheng mellom plagene man opplever, og det man spiser.
Legen kan ta en rekke prøver for å stille diagnosen. Den vanligste prøven er en blodprøve som viser om man er arvelig disponert for å få laktoseintoleranse. Det finnes også en laktosebelastningstest og/eller en pusteprøve som viser om laktoseopptaket allerede er nedsatt.